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在第二次新吉恩构兵、又名“夏亚的哗变”遣散后，地球圈赢得了顷刻的和打打拼手。　　这之后3年，寰宇世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”长进行了一项隐衷情涉。本色为－－被认为是地球联邦政府黝黑操控的“比斯特财团”将把最高隐藏“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。　　另一方面，在安纳海姆工业特意黉舍就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的青娥（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了需求新的构兵迸发，必须集体“拉普拉斯之箱”的邦交。巴纳吉在数次附和奥黛丽之后，逐渐被她所迷茫。　　随后，地球联邦觉察了这起邦交，并进行军事问鼎，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和诤友一面隐迹一面追求着奥黛丽，而呈而今他面前的是比斯特财团确当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将降生的隐衷通知了巴纳吉，而且将箱之钥匙－－“聪明战士高达独角兽”请托给他。　　随后，一场环绕“拉普拉斯之箱”的构兵户口始了……